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2007-10-16

Bio-informatique : une croissance dont on ne voit pas la fin

Pascal Lapointe - Agence Science-Presse

Algorithmes, bases de données biologiques, analyses de séquences... Difficile pour le profane d’avoir une idée claire du travail souterrain que cache le mot « bio-informatique ». Mais ses artisans sont convaincus d’une chose : même si cette discipline n’existait pas il y a 20 ans, elle est à présent engagée dans des travaux qui l’occuperont indéfiniment !

Pourquoi « travail souterrain » ? Parce que tandis que les médias parlent de ces généticiens qui amassent découverte après découverte à partir des montagnes de données qui s’accumulent d’un génome décodé à un autre, la bio-informatique, elle, prépare les outils qui seront indispensables à ces chercheurs pour traiter les données.

Par exemple, ont été créées au Centre Robert-Cedergren de l’Université de Montréal, deux obscures bases de données biologiques, dont la Taxonomically Broad Expressed Sequence Tags... ou TBest pour les intimes ! Elle contient près de 400 000 séquences génétiques d’une cinquantaine d’organismes et permet à des chercheurs de plusieurs disciplines, partout dans le monde, d’amorcer immédiatement un travail qui, avant l’informatique, aurait été impensable. « Les gens qui nous contactent, explique Franz Lang, directeur du Centre, veulent comprendre une espèce particulière de bactérie ; on peut faire une analyse du contenu des gènes, l’expression, comparer avec les espèces les plus proches, planifier des expériences... »

Petit rappel. La bio-informatique, c’est le bébé né de l’union de deux croissances phénoménales : celle des données qu’amasse la génétique à un rythme tel que personne ne peut suivre, et celle de la puissance de calcul des ordinateurs. L’Université de Montréal a été la première au Canada à offrir un programme complet de bio-informatique et en août 2007, le premier doctorat au Canada y a été décerné.

Exemples de travaux en cours : François Major, qui a la particularité de détenir un doctorat en informatique et d’être professeur au département de biochimie, se penche sur « la modélisation de structure 3-D d’ARN et de protéines ». Christian Landry poursuit son postdoctorat sur la « cartographie des interactions physiques entre les protéines ». Tournant également autour des protéines — l’étape suivante, après l’identification des gènes — on trouve un physicien, Normand Mousseau, de l’Université de Montréal, qui met au point des modèles informatiques sur le repliement des protéines : c’est-à-dire des outils permettant d’identifier dans un temps raisonnable les « bonnes » configurations d’une protéine, parmi une quantité astronomique de possibilités.

Dans 10 ans ?

Le problème, c’est qu’il ne suffit pas d’augmenter la puissance des ordinateurs pour que les découvertes suivent. « Il faut développer des logiciels, des algorithmes, explique Franz Lang, également attaché au département de biochimie, et ça, c’est souvent la partie qui manque. » Faute de fonds, mais surtout faute de fonds alloués à la recherche fondamentale. « C’est difficile à financer parce que c’est un investissement à long terme. »

Les chercheurs du Centre Robert-Cedergren — du nom d’un pionnier décédé en 1998 — ont publié, seuls ou avec d’autres, pas moins de 250 articles depuis trois ans. Mais où en seront-ils dans 10 ans, c’est une question qui relève davantage de la politique. « Il y a une dizaine d’années, on était dans une situation difficile : beaucoup de données, pas assez de bio-informatique. A présent, on est dans la même situation ! Les gens deviennent fous tellement il y a de données qui sortent. » Le beau côté de la chose, c’est qu’il y a du travail pour longtemps...

Lu dans la presse

Centre Robert-Cedergren - Des outils pour mieux comprendre des phénomènes biologiques complexes (Le Devoir)

Certaines propriétés des gènes augmentent leur potentiel évolutif (Forum, Université de Montréal)

Génome du riz : un petit goût québécois (Agence Science-Presse)

Un nouveau centre de recherche pour la bio-informatique (Forum, Université de Montréal)

Profession d’avenir : bio-informaticien (Agence Science-Presse)

Dans les revues savantes

Science (2007)

Nucleic acids research (2007)

Autres publications - Centre Robert-Cedergren

Pour les insatiables

Le programme de bio-informatique de l’Université de Montréal

Le Centre Robert-Cedergren

Colloque annuel du Centre les 8 et 9 novembre

Laboratoire de bio-informatique de l’Université McGill

La base TBest

Sites sur la bio-informatique en France